浮游植物吸收污水，粪便或排泄物中的有机固体细菌降解中释放的无机营养物质。浮游动物吃浮游植物和细菌包裹的小碎屑颗粒，后者也可以作为底栖无脊椎动物残食的食物。浮游生物，尤其是浮游植物，是鱼塘中天然食物的主要来源，但是底栖无脊椎动物（主要是摇蚊）也可以用作鱼食，虽然它们在数量上不太重要。为了优化人类废弃鱼池中的鱼类产量，大多数鱼类应该是过滤饲料，以利用浮游生物生长。
养鱼业是当今世界上增长最快的农业部门之一。然在处理鱼类污水时希望利用这一势头面临监管障碍。但是新的研究表明，一个简单的有机系统可以有效且廉价地处理养殖污水。生物反应器 - 装满木屑的长容器 - 用于处理全面运行的循环水产养殖系统的废水。
这个想法很简单：来自养鱼的污水在一端进入生物反应器，流过木屑，并通过另一端的管道排出。一路上，固体沉淀，木片中的细菌去除了氮，一种受管制的污染物。水中的固体废物带来了另一种复杂情况。在高流速下，更多固体进入系统，沉淀，堵塞木片之间的空隙，并阻碍流动。生物反应器的长期和短期工作都很好。 他们为固体过滤，并摄取硝酸盐。但对于需要在短时间内移动大量水的系统，我们推荐使用额外的微型过滤器来清除部分固体，然后进入生物反应器并堵塞生物反应器。
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